Różnorodność odnosi się do różnorodności gatunków bakterii obecnych w mikrobiomie jelitowym. Wyższa różnorodność mikrobiologiczna jest zazwyczaj kojarzona z lepszym zdrowiem układu trawiennego, funkcjonowaniem układu odpornościowego oraz odpornością na patogeny. Niska różnorodność może natomiast wiązać się z zapaleniem, słabym wchłanianiem składników odżywczych oraz różnymi przewlekłymi schorzeniami.